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Laboratorio di Biologia Molecolare
Edoardo Pescarmona
Anatomia Patologica
E-mail: edoardo.pescarmona@ifo.it
1. L'attività del Laboratorio di Biologia Molecolare
Il laboratorio di Biologia Molecolare della Unità Operativa di Anatomia patologica effettua una diagnostica molecolare integrata che, accanto alle metodiche convenzionali di analisi (immunistochimica automatizzata, ibridazione in situ, sequenziamento diretto, pirosequenziamento, real time PCR), utilizza un sequenziatore NGS Ion GeneStudio S5 Prime (ThermoFisher) associato a 2 preparatori automatici di librerie e templati (IonChef)
La crescente disponibilità di farmaci biologici, già autorizzati dall’AIFA, e la validazione, in trial clinici, di numerose molecole che entreranno a breve nella pratica clinica corrente, hanno determinato un notevole incremento della richiesta da parte degli oncologi di esami molecolari a più alto grado di complessità quantitativa (numero di geni da analizzare) e qualitativa (tipo di alterazioni genomiche da individuare). Pertanto, accanto all’utilizzo di kit CE-IVD per diagnostica corrente, nella Unità di Anatomia Patologica si ricorre sempre più di frequente all’utilizzo di pannelli multigenici che permettono di rilevare in maniera rapida e accurata mutazioni puntiformi, piccole inserzioni/delezioni, variazioni del numero di copie geniche e specifici riarrangiamenti genici.
I risultati di queste analisi consentono non solo di individuare i pazienti che possono giovarsi di specifici trattamenti già approvati dalle autorità regolatorie, ma anche di:
- identificare specifiche caratteristiche biologiche a fini diagnostici e prognostici;
- monitorare la risposta alle terapie a bersaglio molecolare e l’insorgenza di resistenza terapeutica;
- individuare le alterazioni molecolari necessarie per l’arruolamento dei pazienti in trial clinici;
- effettuare, per casi clinici selezionati e di particolare complessità, analisi molecolari che possano;
- suggerire trattamenti personalizzati ancora non codificati in linee guida (essenzialmente in supporto all’attività del Molecular Tumour Board IRE).
L’Anatomia Patologica dispone del quadro di competenze e professionalità necessarie per effettuare tutte le analisi molecolari e, avvalendosi di software dedicati, interpretare i risultati e traducendoli in informazioni clinicamente rilevanti. In dettaglio, un singolo workflow di analisi per DNA e RNA, completamente automatizzato, consente di stilare in tempi rapidi un referto in cui vengono annotate le alterazioni genomiche biologicamente e clinicamente rilevanti. In particolare, mediante l’uso del software “Oncomine Reporter” il servizio è in grado di fornire all’oncologo medico un referto (disponibile telematicamente) in cui i risultati delle analisi genomiche sopra descritte sono corredati dall’indicazione delle conseguenti potenziali opzioni terapeutiche, inclusi gli studi clinici attualmente in corso a livello nazionale ed internazionale.
Grazie all’esperienza maturata in più di tre anni di analisi NGS (con un volume complessivo di più di 5000 casi analizzati), la Unità di Anatomia Patologica sta coordinando un gruppo di lavoro, nell’ambito della SIAPEC-PMMP (Società Italiana di Anatomia Patologica e Citodiagnostica – Patologia Molecolare e Medicina Predittiva), per la stesura di raccomandazioni per la refertazione in NGS.
2. Dove siamo / Modalità di accesso
Il Laboratorio di Biologia Molecolare è situato al livello -2, entrata su Via Fermo Ognibene.
Accettazione materiale biologico: dalle ore 8,30 alle ore 13 dal lunedì al venerdì presso lo sportello «accettazione Anatomia Patologica» adiacente al reparto
I pazienti esterni possono ricevere informazioni circa le modalità di accesso rivolgendosi alla Dott.ssa Simonetta Buglioni, UOC Anatomia Patologica +39 06 52662923; simonetta.buglioni@ifo.it.
3. Visite ed Esami
Il Laboratorio di Biologia Molecolare IRE effettua la ricerca di alterazioni in geni codificanti bersagli terapeutici per:
- carcinoma polmonare (ALK, BRAF, EGFR, MET, NTRK1, PD-L1, RET, ROS1);
- tumori stromali gastrointestinali (KIT, PDGFRα);
- melanoma (BRAF, NRAS, KIT)
carcinoma del colon-retto (BRAF, KRAS, NRAS); - tumori cerebrali (IDH1, IDH2, metilazione MGMT);
- neoplasie ovariche (BRACA1, BRCA2);
- Carcinomi tiroidei: (BRAF, NRAS, RET);
- Marcatori molecolari agnostici: (MSI, NTRK1, NTRK2, NTRK3)
ai fini diagnostici:
- l’identificazione dei geni di fusione caratteristici nei sarcomi;
- alterazioni molecolari nel melanoma;
- riarrangiamenti clonali dei geni per le catene pesanti delle immunoglobuline (IgH) e
del gene del recettore gamma dei linfociti T (TCR g)
Pannelli NGS per analisi su tessuto tumorale (campioni istologici e citologici):
- Oncomine™ Solid Tumour kit (CE-IVD): analisi mutazionale di 22 geni;
- Oncomine™ Solid Tumour FusionTranscriptkit (CE-IVD): 4 geni, 72 trascritti di fusione;
- Oncomine™ Focus Assay: analisi di alterazioni molecolari (mutazioni, amplificazioni e geni di fusione)
in 52 geni; - IonAmpliSeq™CancerHotspot Panel v2: analisi mutazionale di 50 geni;
- Pannello custom IonAmpliseq Designer per la valutazione molecolare contemporanea di 19 geni in regioni target; geni indagati: KIT, PDGFRA, IDH1, IDH2, PTEN, HRAS, NRAS, GNAQ, BRAF, CTNNB1, TP53, TERT PROM, H3F3A, H3F3B, RET, MAP2K1, NF1, GNAS, GNA11
- Pannello Archer Fusion Plex Sarcoma for IonTorrent per la simultanea identificazione di fusioni in 26 geni.
- Oncomine™ BRCA: analisi delle mutazioni di BRCA1 e BRCA2 (analisi solo tumorale).
- Oncomine BRCA expanded : 33 geni del DNA damage repair DDR
4. Ritiro Referti
Il referto è disponibile entro 15 giorni lavorativi.
Mediante l’uso del software “Oncomine Reporter” il servizio è in grado di fornire all’oncologo medico un referto completo del profilo molecolare del paziente che può essere richiesto telematicamente (E-mail: simonetta.buglioni@ifo.it)
Nel report i risultati delle analisi genomiche sono corredati dall’indicazione delle conseguenti potenziali opzioni terapeutiche, inclusi gli studi clinici attualmente in corso a livello nazionale ed internazionale.