Biologia Computazionale

L’avvento del sequenziamento massivo-parallelo del DNA ha permesso, da un lato, il rapido sviluppo della ricerca traslazionale, preziosa opportunità per i nostri pazienti, dall’altro la necessità di integrare nei nostri gruppi di lavoro una nuova scienza interdisciplinare: la Bioinformatica, collocata tra la Biologia, l’Informatica e la Statistica. La Biologia Computazionale in IFO Regina Elena e San Gallicano, inizia dal 2009 con l’acquisizione di uno dei primi sequenziatori massivi paralleli in Italia, l’Illumina Genome Analyzer II. Il framework analitico viene impostato tramite una joint-venture tra il Regina Elena, l’Università di Bari e il Consorzio per il Supercalcolo dell’Università di Roma, il CASPUR, anche nell’ambito del Progetto Bandiera Epigenomica EPIGEN del CNR.

Negli ultimi anni, dalle prime applicazioni di analisi epigenetica whole-genome (RNA-seq e ChIP-seq) a scopi di ricerca, la Genomica NGS ha espanso i suoi campi alle applicazioni cliniche e precliniche sui pazienti, come il Targeted Sequencing e l’Whole Exome Sequencing, o alla ricerca di biomarcatori di risposta alle immunoterapie (Immuno-Informatica).

Dal 2018 al 2020, grazie al supporto delle Direzioni Scientifiche e di diverse UOSD di Ricerca, il gruppo interdipartimentale di Bioinformatica / Bio.Comp. si è espanso da 4 a 13 unità, mantenendo una piattaforma comune di condivisione tecnologica e della conoscenza in termini di protocolli, standard e innovazioni, e si pone come il primo gruppo di Bioinformatica nell’ambito degli IRCSS pubblici italiani.

Le tecnologie computazionali utilizzate, spaziano da sistemi di analisi e virtualizzazione locale a complesse combinazioni di workflow in High Performance Computing (Docker+Nextflow), in esecuzione su sistemi locali e sistemi cloud, in convenzione con fornitori istituzionali di supercalcolo come GARR e INFN.

Il gruppo fornisce inoltre tirocini, progetti di tesi e formazione a studenti da vari corsi di laurea, in particolare Ingegneria Biomedica (Sapienza), Bioinformatica (Tor Vergata), Data Science (Sapienza) e la triennale di Bioinformatics in Sapienza, per la quale ha anche erogato il corso di “Bioinformatics 2” dal 2018 al 2020.
Infine, opera come uno degli hub analitici di Alleanza Contro il Cancro, in particolare per i working group di Immunoterapia, Bioinformatica, Genomica ed Oncoematologia.

Per avere informazioni aggiuntive riguardo progetti di ricerca e tirocini, è possibile scrivere a bioinformatics@ifo.gov.it

UOSD Biostatistica, Bioinformatica e Clinical Trial Center
Responsabile Diana Giannarelli
Matteo Pallocca
HPC analysis engineering, Project Development, Biomarkers
Andrea Sacconi
Nanostring nCounter analysis, miRNA/Epigenetics, Transcriptomics
Eleonora Sperandio
CAR-T deconvolution, Machine Learning, Multi-omics
Martina Betti
Targeted Sequencing Bioinformatics, HLA Transcriptomics Mining
Alice Massacci
Neo-antigen detection pipelines, SARS-CoV-2 Genomics

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UOSD SAFU
Responsabile Maurizio Fanciulli
Stefano Scalera
Clinical and pre-clinical Genomics and Transcriptomics
Giacomo Corleone
Computational Epigenomics of Multiple Myeloma (Marie Curie Fellow)
Clelia Cortile
Hematology Genomics and Epigenomics (Alliance Against Cancer)

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UOSD Immunologia ed Immunoterapia dei Tumori
Responsabile Paola Nisticò
Lorenzo D’Ambrosio
Immuno-Informatics and Immuno-Genomics (Alliance Against Cancer)
Giuseppe Frisullo
Mass Citofluorimetry
Erica Di Bernardo
Protein Networks

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UOSD Oncogenomica ed Epigenetica
Responsabile Giovanni Blandino
Giulia Orlandi
SARS-CoV-2 genomics, Data Mining

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UOC Fisiopatologia Cutanea
Responsabile Mauro Picardo
Mauro Truglio
Lipidomics, Automated Statistics

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Internship students
Stefano Di Giovenale (Bioinformatica, Tor Vergata)
Tiziano Cicino (Bioinformatica, Tor Vergata)

Past students and Fellows
Paolo D’Onorio De Meo
Dino Elmi
Davide Angeli
Lucia Rossetti (Ing. Biomedica, Sapienza)
Sara Errigo (Ing. Biomedica, Sapienza)
Aldo Sergi (Ing. Biomedica, Sapienza)
Ornella Gabrielli (Ing. Biomedica, Sapienza)”
Isabella Grassucci (Bioinformatics, Sapienza)
Jan Delshad (Bioinformatics, Sapienza)
Salim Sikder (Bioinformatics, Sapienza)
Vittoria Esposito (Bioinformatics, Sapienza)
Stefania Pasquariello (Bioinformatics, Sapienza)

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